印尼航空创始于印尼反荷兰殖民主义者的印度尼西亚独立战争独立战争即将胜利之际。当时革命军以缴获的美制道格拉斯DC-3型客机向苏门答腊州亚齐地区运送军火。而1949年1月26日为公认的印尼航空公司之成立日。
公司成立伊始，曾经受到印尼的友邦缅甸之大力帮助，因此，在1950年3月31日印尼航空与荷兰皇家航空公司正式合资运作之后曾回赠缅甸政府一架道格拉斯DC-3型飞机。至1953年，公司发展已经初具规模，拥有46架飞机。1955年一些早年代的飞机退役，1956年印尼航空首航伊斯兰教的圣城麦加。


Garuda Indonesia波音747-400客机停靠在日本东京成田机场。
1960年是公司至今发展最迅速的一年，机队新增加至8架康乃尔240，8架康乃尔340，与3架康乃尔440，1961年至65年，又增加3架康乃尔990，3架洛克希德L-188慧星，雅加达至香港启德机场新航班开催，欧洲航班更于1963年首飞阿姆斯特丹与法兰克福。1965年又新增通过孟买往巴黎与通过开罗往罗马两个采用康乃尔990的欧洲航班。同年通过金边飞往中国广州航班开始，1965年印尼航空迈入喷气机时代，道格拉斯DC-8首航阿姆斯特丹机场。
七十年代印尼航空启用麦道DC-9型与福克F28型喷射机。公司一度曾拥有36架福克机而成为世界上采用此型号客机最多的公司。八十年代加鲁达逐渐引进空客A-300、波音737、波音747、麦道MD-11等多款新型客机。
1998年发生的东亚金融危机也严重地冲击了印尼和本公司，加鲁达停飞了所有欧、美各国的亏损严重航线。但是鉴于历史传统，不久恢复飞往荷兰首都阿姆斯特丹。此后数年接踵而至的九一一恐怖事件、巴厘岛炸弹爆炸、SARS惊恐、2004年印度洋大海啸又令公司业绩雪上加霜。印尼旅游业一片萧条，公司客源衰减，然而加鲁达依然对年代中期经济恢复充满希望，这可从他们当年引入空中客车A330型新机可见一斑。
2001年加鲁达成立旗下一家廉价航空公司CitiLink，提供印尼国内城市穿梭航班。